1868年1月11日，在浙江绍兴府山阴县一个商人家庭中，一个名叫蔡元培的男孩降生了。谁也没有想到，这个出身于江南商贾之家的孩子，日后会从清朝翰林院走出来，成为北京大学”永远的校长”、中国近代教育的奠基人，以及新文化运动的护航者。
蔡元培，字鹤卿，又字仲申、民友、孑民，乳名阿培。他十一岁丧父，家道中落，但母亲谢氏持家有方，坚持让他读书。蔡元培自幼聪颖好学，十七岁中秀才，二十三岁中举人，二十五岁——即1892年——考中进士，被选为翰林院庶吉士。1894年，他补翰林院编修，达到了传统科举仕途的巅峰。
然而，甲午战争的惨败和戊戌变法的流产，使蔡元培对清廷彻底失望。1898年，他毅然辞去翰林院官职，回到南方投身教育。这一决定在当时被视为疯狂之举——一个前途无量的翰林放弃仕途去办学堂，无异于自毁前程。但蔡元培的第一任妻子王昭支持他，带着两个儿子从北京回到家乡，没有劝过他复职。
1902年，蔡元培与章炳麟等人发起组织爱国学社和爱国女学，创办《俄事警闻》（后改为《警钟日报》），提倡民权，鼓吹革命。1904年，他组织光复会，自任会长。次年，光复会并入孙中山领导的同盟会，蔡元培成为同盟会上海分会会长。从此，他既是教育家，又是革命家，在两条战线上同时为中国的未来奔走。
辛亥革命后，蔡元培出任南京临时政府教育总长。他发表《对于教育方针之意见》，批判封建教育制度，提出废除读经、实行男女同校、修改学制等一系列改革措施。这些主张在当时堪称石破天惊，奠定了中国近代教育制度的基本框架。但因不满袁世凯的专制，他很快辞职赴德留学，在莱比锡大学研究哲学、美学和实验心理学。
1916年底，蔡元培应教育总长范源濂之邀，从欧洲回国就任北京大学校长。1917年1月正式到校视事。他到任后提出了”思想自由，兼容并包”的办学方针，对北大进行了大刀阔斧的改革。他邀请陈独秀担任文科学长，聘请胡适、李大钊、鲁迅、钱玄同、刘半农等新文化运动的先锋人物到北大执教，同时也保留了辜鸿铭、刘师培等保守派学者。在他看来，大学应该是”囊括大典，网罗众家”的学术殿堂，各种学派都应该有发声的机会。
蔡元培在北大推行教授治校制度，设立评议会作为最高立法机构，各系教授会参与系务管理。他主张学术研究自由，支持学生成立各种社团，鼓励学术讨论和思想争鸣。在他的治理下，北大从一所官僚气息浓厚的旧式学堂，蜕变为中国最具活力的学术中心和思想高地。他有一句名言：”教育者，非为已往，非为现在，而专为将来。”
1919年五四运动爆发时，蔡元培的态度颇为微妙。他事先劝学生不要到天安门游行，事发后虽不赞成过激行动，但在学生被捕后，他作为代表四处奔走营救，直至学生全部释放。事后他请辞北大校长以示对学潮的态度，但在师生和社会各界的挽留下最终复职。蔡元培始终认为，学生的首要任务是求学，但他也理解学生爱国热情的合理性——”学生爱国运动，我不忍制止。”
1927年，蔡元培任国民政府大学院院长，后任中央研究院院长。他主持创建的中央研究院，是中国第一个国家级学术研究机构，奠定了中国现代科学研究事业的基础。”九一八”事变后，蔡元培倡导抗日。1932年，他与宋庆龄等人组织中国民权保障同盟，积极营救被捕的进步人士，为抗日民主运动奔走呼号。
蔡元培一生清廉简朴，没有购置过房产，常常搬家。在上海，他先后住在凤阳路、万航渡路、愚园路、华山路。1937年上海沦陷后，他举家迁往香港。1940年3月5日，蔡元培在香港病逝，享年七十二岁。他去世时家无余财，连丧葬费都是朋友凑的。
蔡元培一生结过三次婚。第一任妻子王昭是旧式婚姻，1900年病逝。此后他贴出惊世骇俗的征婚启事——不缠足、识字、不娶妾、妻可改嫁、意见不合可离婚。第二任妻子黄仲玉是江西才女，精通书画，1920年病逝。第三任妻子周峻是他爱国女校的学生，比他小二十二岁，1923年结婚后陪他赴欧洲考察。
蔡元培去世后，延安方面发来唁电，称他为”学界泰斗，人世楷模”。从翰林院编修到革命家，从教育总长到北大校长，蔡元培的一生跨越了中国近代史上最激荡的年代。他用”兼容并包”的理念改造了一所大学，也改造了一个时代的精神面貌。在他执掌北大期间，陈独秀的《新青年》、胡适的白话文运动、李大钊的马克思主义研究、鲁迅的小说创作，都在北大的土壤上生根发芽。可以说，没有蔡元培的北大，就没有五四运动的思想准备；没有蔡元培的”兼容并包”，就没有中国现代学术的多元格局。毛泽东曾评价蔡元培是”学界泰斗，人世楷模”，这八个字浓缩了他在中国近代文化史上的崇高地位。
蔡元培的教育理念至今仍有深远的现实意义。他主张的”思想自由，兼容并包”不仅是大学治理的准则，也是文明社会的基本原则。他提出的教育应”专为将来”，强调美育和科学并重，提倡男女平等受教育——这些理念在一个多世纪后的今天，依然指引着中国教育改革的方向。周恩来曾撰写挽联：”从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”这副挽联精准地概括了蔡元培一生的两条主线：民族革命与民主自由。