1905年3月7日，上海震旦公学的校园里发生了一件不大却影响深远的事：全院学生集体退学。直接导火索，是法国天主教耶稣会试图把学校变成完全由教会控制的法国化书院。
震旦本是马相伯办的。1903年，这位六十多岁的老人借教会力量在徐家汇办起震旦学院，定下三条宗旨：崇尚科学、注重文艺、不讲教理。他不强迫学生信教，还推行学生自治，亲自教拉丁文、数学、哲学，把学生当子弟看待。学院很快出了名，连梁启超都写信说今乃始见我祖国得一完备有条理之私立学校，吾欲狂喜。
问题出在办学权上。耶稣会只想借马相伯的名望收捐款，对真正办学却不上心。1905年，他们借口让马相伯养病，撤了他的主管权，委任法国神父南从周（Perrin）当总教习，改了办学方针，废英文，重法文，教育各权皆掌之西教习。学生一看，这哪还是当初那所震旦，分明是要变成法国教会的附庸。
全院一百三十多名学生里，有一百三十人签了名退学。他们摘下校牌，走出校门。消息传到马相伯那里，老人看着退学签名簿，眼泪掉了下来，一边是震旦散了心疼，一边是学生们还要读书的执拗让他动容。于右任、邵力子几个学生代表找到他，说：我们已经散学了，但是我们还要读书。这句话，成了复旦的起点。
退学第二天，一百四十多个学生在张园合影留念。3月9日，他们在沪学会开会，宣布和震旦断绝关系，着手筹建新校。蔡元培、张謇、严复、熊希龄、袁希涛等名流都站出来支持，严复还当了总教习。两江总督周馥拨了官银两万两，又借出吴淞提督衙门当临时校舍。
5月27日，马相伯在《时报》上登出声明，说旧时院名久已消灭，新校定名复旦公学。复旦二字取自《尚书大传》里日月光华，旦复旦兮，既有复我震旦的意思，也藏着复兴中华的抱负。9月，复旦公学在吴淞正式开学，马相伯任校长兼法文教授，严复任总教习。
马相伯这个人，本身就很能说明问题。他1840年生，是天主教徒，却始终坚持一切宗教教义的宣传均应退出学校的领域。早年他想办中西大学堂，教会的态度是有捐款就高兴，办学却不上心，计划一度泡汤。直到1902年，南洋公学闹学潮，蔡元培每天清晨步行到他家学拉丁文，又陆续带来一批求学者，震旦才顺理成章办起来。可以说，震旦和后来的复旦，都是在学生想读书的朴素愿望里长出来的。
复旦初创时条件很差，借吴淞提督衙门当校舍，经费靠募捐。但它从一开始就重视历史和地理，第一份章程里，历史、舆地排在科目前列。1908年首届高等正科毕业八人，里头有后来写《柳如是别传》的陈寅恪，也有气象学家竺可桢。马相伯晚年毁家兴学，把家产和田地捐出去办教育，自己却清贫度日。九一八之后，九十多岁的他还奔走呼号，写耻莫大于亡国，战虽死亦犹生激励国人。
这场学潮看上去是学校和教会的争执，背后其实是教育主权之争。20世纪初的中国，新式学堂刚起，外国教会办学往往附带文化渗透，震旦学生宁可散学也不愿受法人摆布，反映的正是那一代人对中国人自己办教育的执拗。复旦后来发展成复旦大学，震旦则在耶稣会手里成了震旦大学，两所学校从此各走各路，但1905年春天那场退学，始终是复旦校史里最硬气的一页。