1908年1月10日，孙云蔚出生于江苏吴江县一个普通家庭，原名孙华。十二岁那年母亲去世，他由兄嫂抚养长大。家道并不宽裕，却没能挡住这个孩子对田间园艺的执拗兴趣。在当时的中国，农学算不上体面出路，可他偏偏认准了这门和土地打交道的学问，认定把地种好、把果木管好也是正经本事，值得用一辈子去钻研。
1928年，孙云蔚从苏州农校毕业。因为家境困难，他没有继续升学，而是进了南京中山陵园当技士，管着五百多亩果园和蔬菜田。这份差事他干了三年多，从剪枝、嫁接、施肥到防治病虫害，样样亲手做，在泥里土里摸爬滚打，攒下了实实在在的果树与蔬菜生产经验。那几年他还抽空写了《番茄草莓栽培法》《最新西瓜百合栽培法》等六本园艺科普小册子，边干边琢磨，也顺手贴补了家用。
1932年，靠着出书攒下的稿费和兄嫂资助，孙云蔚东渡日本自费留学，进了国立园艺试验场。他在那里学了不少新技术——西瓜嫁接、草莓促成栽培、山坡上利用太阳热石垣种果树、香菇菌种繁殖，样样都记下来，写成文章寄回国内发表，很受读者欢迎。一个中国穷学生，能在异国的试验场里把本事学到手，再原样搬回国内，这股踏实劲头贯穿了他一生。
1934年因为钱不够，他先回了国，可他不肯罢休，1935年又第二次赴日，进了九州帝国大学农学部园艺研究室，系统学习果树园艺理论，还去北海道大学、青森苹果试验场考察，1936年6月才回国。两度留日，让他把东洋的园艺技术摸了个透，也让他看清中国园艺和先进国家之间的差距，更坚定了回来办教育的念头。
回国之后，孙云蔚在青岛、上海等地的农林和果品机构辗转任职。1940年他到北京当园艺试验场场长，搞果树蔬菜花卉栽培，推广果苗种籽，也做全场整顿。那段时期华北被日军占据，他也在日方控制的机构里做技术工作，这是他人生里一处难以回避的灰色段落，后人在写他的传记时都无法绕开。
抗战胜利前后，他先后到山东曲阜、杭州、南昌等地农业院校教书，1947年进入西北农学院任园艺系教授，从此把根扎在了西北的黄土地上。从江南水乡到西北旱塬，环境变了，可他侍弄果木的本行没变，反倒因为西北果业底子薄，更显出他的价值。
1949年南昌解放，孙云蔚进了“八一革命大学”学习，他后来称之为自己“生命的转折点”。当时有人送来去台湾的飞机票，他拒绝了。那年冬天他回到西北农学院，重执教鞭并兼任系主任。他说自己幸逢盛世，从此把全部精力投进教学、科研、写书和推广，再没动过离开的念头。
1950年他加入民盟，1962年入党，还当过陕西省人大代表、省园艺学会理事长，把陕西一带的果树科研带了起来，也把西北农学院的园艺专业做成了牌子。在他带动下，一批批学生走出校门，分散到西北各省的果园和试验站，把课堂上的知识变成地里的收成。
孙云蔚真正的贡献，在学术和育人上。他长年研究果树栽培、中国果树史和果树资源，写出《中国果树史与果树资源》《西北的果树》等专著，对西北果树带的划分和产区发展提出过不少创见。《西北的果树》系统梳理了西北五省区的果树分布与栽培要点，至今仍是区域果树研究的底本；《中国果树史与果树资源》则把零散的史料和种质资源串成体系，填补了学科空白。
在一个现代园艺学科刚刚起步的国家里，他把从日本学来的技术和本土的实际结合起来，培养出一代园艺人才。著作等身、桃李成行，这是他留给中国果树事业最实在的东西，也让他配得上“果树学家、园艺教育家”这十个字。
晚年的孙云蔚，把更多精力放在带学生和编教材上。他常对学生说，园艺这门学问，不在书本多厚，而在地里走了多少、手上有没有老茧。他带研究生下果园，一株一株地教他们看树势、辨病害，这种“土里淘金”的教法，带出不少后来撑起西北果业的人。
1988年以后，随着《西北的果树》多次再版、被高校列为参考书，孙云蔚的名字渐渐和“中国果树史”这门冷门学问绑在了一起。他没赶上果树产业后来的大爆发，可今天西北漫山遍野的苹果、梨、葡萄，背后都有那一代人打下的底。一个农学家的价值，往往要等果树长大、等学生成材，才看得真切。
孙云蔚治学，有个特点：不尚空谈。他写《中国果树史》，不是坐在书斋里翻故纸，而是跑遍西北的果园、苗圃，把老农的口述和古籍的记载对照着看。这种把论文写在大地上的做派，在当年极少见，也让他书中的结论经得起实地检验。
他晚年还惦记着一件事：把国外的好品种引进来，也把中国的乡土品种保住。在他看来，果树资源是老祖宗留下的家底，丢了就找不回来。今天各地建种质资源圃、搞品种保护，思路和孙云蔚当年鼓呼的其实一脉相承。
1995年前后，西北农学院并入西北农业大学、再后来成为西北农林科技大学，孙云蔚当年播下的种子，长成了完整的园艺学科体系。一个人能在一所地方农学院里，把一个冷门方向做成全国有影响，靠的从来不是时髦，而是一辈子的笨功夫。回望孙云蔚的一生，从吴江农家子弟到果树学奠基人，这条路上没有捷径，只有一个“实”字。