1515年1月12日（一说1514年1月22日），在海南琼山的一个清寒之家，一个名叫海瑞的男孩出生了。他的父亲海瀚仅是一名廪生，在海瑞四岁时便去世了。母亲谢氏性格刚强，粗识书史，独自将海瑞抚养成人。她持家有方，律身以正义，对海瑞要求极严，不让他像一般儿童那样嬉戏玩耍。孤儿寡母相依为命，靠祖上留下的几十亩田勉强维持生活。
海瑞自号”刚峰”，取其做人要刚强正直、不畏邪恶之意。他自幼攻读诗书经传，立志日后做官要做一个不谋取私利、不谄媚权贵的好官。十三岁入琼山县海口镇私塾，二十七岁在琼山郡学，常与志同道合者纵谈古今，作《严师教戒》等文抒发抱负，一再告诫自己不能虚度岁月、要做圣贤。
嘉靖二十八年（1549年），三十六岁的海瑞参加乡试中举。同年献上《治黎策》，提出治理琼州的方略，展现了他务实的政治眼光。但此后两次会试均未中第，嘉靖三十三年他决定放弃科举，以举人身份被指派到福建南平县当教谕。
在南平教谕任上，海瑞展现了他不畏权贵的性格。有朝廷御史到县学视察，其他教师都跪地通报姓名，唯独海瑞长揖不跪，说：”到御史所在的衙门当行部属礼仪，但这个学堂是老师教育学生的地方，不应屈身行礼。”由此他得了个”笔架博士”的绰号——因为行礼时他站在中间不跪，形如笔架。
嘉靖三十七年（1558年），海瑞被任命为浙江淳安知县。在淳安，他重新清丈土地，规定赋税负担，减轻农民负担，推行保甲法，明断疑难案件，兴办社学。他穿布袍、吃粗粮糙米，让老仆人种菜自给。浙江总督胡宗宪曾对人讲：”昨天听说海县令为老母祝寿，才买了二斤肉。”堂堂知县为母亲做寿只买二斤肉，这在官场中成了奇闻。
海瑞在淳安两次”硬碰硬”的事迹尤为著名。胡宗宪的儿子路过淳安，因嫌驿吏招待不周而大发脾气，将驿吏倒挂起来。海瑞说：”过去胡总督按察巡部，命令所过之地不要铺张供应。现在这个人行装丰盛，一定不是胡公的儿子。”他打开其行囊发现金子数千两，全部没收入库，并派人报告胡宗宪。胡宗宪哑巴吃黄连，没敢治罪。后来严嵩党羽鄢懋卿出巡，一路贪污勒索，海瑞提供的酒饭十分简陋，并直言其言行不一。事后因此失去升任嘉兴通判的机会。
嘉靖四十三年（1564年），海瑞被选拔为户部云南司主事，赴北京任职。此时明世宗朱厚熜晚年深居西苑，专意斋醮以求长生，不理朝政，总督巡抚争献祥瑞，无人敢言时政。嘉靖四十五年（1566年）二月，海瑞做出了震惊朝野的壮举——他在棺材铺买好棺材，将家人托付给朋友，然后向世宗呈上《治安疏》（又称《直言天下第一疏》）。奏疏中批评世宗迷信巫术、生活奢华、不理朝政，甚至讽刺年号”嘉靖者，言家家皆净而无财用也”。
世宗读后大怒，将奏疏扔在地上，命人立即抓捕海瑞。宦官黄锦告知皇帝，海瑞已买棺材诀别妻子，不会逃跑。世宗默然良久，反复读疏，叹息说：”此人可与比干相比，但朕不是商纣王。”海瑞仍被关入诏狱，追究主使者。内阁首辅徐阶力救海瑞，刑部尚书黄光升巧妙地将海瑞上疏比拟为”儿子骂父”以减轻罪责，将海瑞留在狱中保护。同年十二月世宗驾崩，海瑞得知消息后悲痛大哭，将饭食全部吐出，晕倒在地。
穆宗即位后，海瑞获释出狱，官复原职。隆庆三年（1569年），他被升调为右佥都御史，外放应天巡抚。辖区包括应天、苏州等十府一州，是明朝最富庶的地区。海瑞到任后雷厉风行：属吏害怕其威严，贪官污吏多自动辞职；显赫权贵把门由红色改漆黑色；他请求整修吴淞江和白茆河，两个月内疏通八十里河道，使十三万饥民度过荒年；他推行一条鞭法，限制租债剥削，强令豪强退田还民。百姓称他为”海青天”。
然而，海瑞的铁腕也触动了庞大士绅集团的利益。他甚至勒令昔日恩人徐阶家退还所占田地。给事中戴凤翔弹劾海瑞”庇护奸民，鱼肉士大夫，沽名乱政”。海瑞巡抚吴地仅半年便被罢官，回到琼山老家闲居。百姓听说海瑞解职，呼号哭泣于道路，家家绘制海瑞像祭祀。
此后张居正主持国政，不喜欢海瑞，命巡按御史考察。御史到山中审察，海瑞杀鸡做菜招待，房屋冷清简陋，御史叹息而去。海瑞闲居家乡十余年，直到万历十三年（1585年）才被重新起用，出任南京吏部右侍郎，时年七十二岁。万历十五年十月十四日（1587年11月13日），海瑞病逝于南京右都御史任上。
海瑞去世时没有儿子，佥都御史王用汲主持丧事，看见海瑞住处用葛布制成的帏帐和破烂的竹器，连贫寒文人都不愿使用，为之悲泣不已。南京百姓因此罢市，灵柩用船运回家乡时，长江两岸站满了穿白衣戴白帽的送行者，百里不绝。朝廷追赠太子少保，谥号”忠介”。
海瑞与宋朝包拯并列，是中国历史上清官的典范和正义的象征。从南平教谕到南京右都御史，他一生居官清廉、刚直不阿，以一人之力对抗整个官场的潜规则。他的”刚峰”之号，恰如其分地概括了他的一生——如山峰般刚硬，不可动摇，不论面对的是权倾朝野的严嵩党羽，还是坐拥万顷良田的士绅豪强，他都从未退缩半步。他的一生，是中国古代士大夫精神的极致写照。